Η Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής είναι αρμόδια για το στρατηγικό σχεδιασμό της πολιτικής σε περιφερειακό επίπεδο και την παροχή κατευθυντήριων οδηγιών στις Περιφερειακές Ενότητες, το συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των οργανικών μονάδων που υπάγονται σ’ αυτή, την εξασφάλιση της εύρυθμης λειτουργίας τους, για την αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους. Οφείλει να βρίσκεται σε συνεχή συνεργασία με τα καθ΄ ύλην αρμόδια Υπουργεία κατά κύριο λόγο, για αλληλοενημέρωση σε υπηρεσιακά θέματα, επίλυση προβλημάτων που προκύπτουν, απάντηση σε ερωτήματα που δημιουργούνται από την εφαρμογή της κείμενης νομοθεσίας σχετικά με την αγροτική οικονομία, κτηνοτροφία, αλιεία, πολιτική γη, έγγειες βελτιώσεις κλπ.
Η Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής συγκροτείται από τις εξής οργανικές μονάδες:

1. Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας
2. Διεύθυνση Κτηνιατρικής, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφερειακή Ενότητα Αχαΐας
3. Διεύθυνση Εγγείων Βελτιώσεων, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Δυτικής Ελλάδας
4. Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας Περιφερειακής Ενότητας Αιτωλοακαρνανίας, με έδρα το Μεσολόγγι και χωρική αρμοδιότητα στην Π.Ε. Αιτωλοακαρνανίας
5. Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας Περιφερειακής Ενότητας Αχαΐας, με έδρα την Πάτρα και χωρική αρμοδιότητα στην Π.Ε. Αχαΐας
6. Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας Περιφερειακής Ενότητας Ηλείας, με έδρα τον Πύργο και χωρική αρμοδιότητα στην Π.Ε. Ηλείας
7. Διεύθυνση Κτηνιατρικής Περιφερειακής Ενότητας Αιτωλοακαρνανίας, με έδρα το Μεσολόγγι και χωρική αρμοδιότητα στην Περιφερειακή Ενότητα Αιτωλοακαρνανίας
8. Διεύθυνση Κτηνιατρικής Περιφερειακής Ενότητας Ηλείας, με έδρα τον Πύργο και χωρική αρμοδιότητα στην Περιφερειακή Ενότητα Ηλείας